Институт организован в 1923 г. С момента образования Институт активно развивает профилактическое направление отечественной медицины, являясь научным и методическим центром страны по комплексному изучению влияния производственно-профессиональных факторов на здоровье работающих и разработке научно обоснованных путей оздоровления условий труда с целью сохранения и укрепления здоровья работающих, продления их жизни, предупреждения и лечения как профессиональных, так и профессионально-обусловленных заболеваний
Институт работает в тесном сотрудничестве с департаментами, службами и агентствами Министерства здравоохранения и социального развития РФ, другими министерствами и ведомствами, оказывает консультации и дает заключения по запросам предприятий и организаций.
На базе Института работают: Научный совет по медико-экологическим проблемам здоровья работающих в составе 4-х проблемных комиссий, для двух из которых - "Научные основы медицины труда" и "Научные основы охраны репродуктивного здоровья работающих" Институт является базовой организацией; Центры по гигиенической сертификации продукции промышленного, бытового назначения и парфюмерно-косметической продукции; Центр по сертификации работ по охране труда и аттестации рабочих мест; Медико-профилактический Центр.