Научно-производственная деятельность института представляет собой широкий спектр задач и проблем, которые решаются тематическими отделами и совместно с другими структурными подразделениями, и включает следующие основные направления: по тактическому звену управления армейскими подразделениями Министерства обороны, по главному техническому управлению Комитета государственной безопасности, по управлению Правительственной связи Комитета государственной безопасности, по народно-хозяйственной тематике и комплексу радиосредств для железнодорожного транспорта.
ОАО "ВНИИ "Вега" специализируется на разработках средств подвижной связи для различных ведомств (НС ВС, ФСО, ФСБ, железнодорожной связи и др.).