В настоящее время МОНИКИ представляет собой уникальный в России научно-лечебный и учебный комплекс (институт, поликлиника, больница, факультет).
Больница располагает 23 клиниками хирургического и терапевтического профиля на 1205 коек.
Научно-исследовательская деятельность в институте проводится по 40 направлениям медицинской науки, внедряются новые медицинские технологии мирового уровня.
МОНИКИ является крупнейшей структурой здравоохранения Московской области и выполняет функции регионального многопрофильного центра по оказанию высококвалифицированной лечебной, диагностической и консультативной помощи населению Подмосковья.
На базе института работает Специализированный ученый совет по присуждению ученой степени доктора медицинских наук и кандидата медицинских наук (по хирургии, травматологии и ортопедии, урологии).